查尔斯达尔文大学有三大院系，分别是工程、健康、科学和环境系、法律、教育、商业和艺术系和职业教育和培训学员。共有10个学院，分别是工程与信息技术院，环境学院，健康学院，心理与临床科学学院，语言学院，商学院，法学院，创意艺术与人类学院，公共政策学院，教育学院。该校可提供48个本科学位项目和12个研究生学位项目。