该机构设有十五个内部部门，分别为党政办公室、纪委办公室兼审计职能、人事管理部门、财务管理部门、对外交流部门、护照与签证管理部门、归国人员交流部门、来华事务管理部门、国际事务管理部门、国际合作部门、创新创业服务部门、境外学历认证第一部门、境外学历认证第二部门、留学人员档案管理部门以及信息网络管理部门。
该机构旗下设有两家子公司，北京嘉华世达国际教育交流公司由该机构完全拥有，北京吟虹国际教育咨询公司则由该机构主要控股。
党政办公室
承担党组织具体事务，引导基层单位进行党建活动；管理机关内部行政事务，涵盖后勤保障、资源调配、安全监控及办公环境维护；处理外部沟通事宜出国留学服务中心官网，涉及海外学子咨询解答与信息汇总，配合信访应对与纠纷化解，实现信息公开与形象推广，联络国际交流与重大活动筹备；统筹青年组织、职工团体及女性事务。
纪委办公室（审计处）
承担核心纪检部门的日常工作留学之路，并管理整个组织的纪检审计事务；承担党纪党风、规范守纪以及防治腐败的宣传教育任务出国留学服务中心官网，并监督执行情况；承担对组织内部控制体系构建和执行过程的监督职责；承担审计规章制度的拟定和审计任务实施；受理对组织内党员及监察人员的举报和指控，并执行调查程序；承担完成上级纪检审计机构指派的相关事务。
承担机构人员事务的常规处理，涵盖职位招募、资料维护、薪资管理、培训考察、干部选拔、待遇发放、社会统筹、住房贷款、离岗人员服务等多项事务。
承担核心财务监管与账务处理职责，依照国家经济法规拟定财务规章及操作流程，并执行监督；承担预算与决算管理任务，拟定年度收支规划并实施管控及效果评估，撰写年度收支总结及政府财务状况说明；促进业务与财务数字化结合，健全风险防范机制；承担各项资金审批并规划资金调配；完成各项税金代收代付及申报缴纳；承担会计文件归档与保管职责。
出国事务处
为公派留学人员安排出国相关事宜和回国相关手续，涵盖代为申请护照与签证，预定往返机票，开具留学报到凭证，处理资助金拨付等事务；依据教育部国际司授权，负责实施“平安留学”出发前指导活动及配套服务。
护照签证处
承担为教育主管机构、教育直属机构及北京部属大学相关人士短期海外考察活动提供协助，涵盖代为办理考察团队成员的证件、签证、通行许可及出境文件；执行上述证件的收存、回收任务并提供配套服务；负责为驻外教育人员及其亲属处理出境事宜。
回国人才交流处
处理留学人员归国工作登记（定居）流程；管理留学人员集体户籍事务，办理集体户籍转移程序；维护国家留学人才就业系统，策划境内外留学精英招聘活动并实施留学回国后续支持，为留学人员来华工作和国内机构招募留学人才提供人才服务；撰写《中国留学回国就业年鉴》；构建并扩大全国合作网络，支持各地留学人员吸纳工作。
来华事务处
进行中国教育在海外的介绍和推广工作；管理全国招收外国留学生信息平台及“留学中国”网站；配合国内大学开展招收外国留学生合作事宜；发展外国留学生实习、工作及创业支持服务；促进在华校友和毕业生的交流活动。
国外事务处
负责教育相关对外推广物料的选择、审核、制作、品质管控、购买以及向海外邮寄等工作；研制“海外学子服务网络平台”，为驻外代表机构文教部门、海外的中国学生学者联谊组织及留学生提供线上线下的相关支持。
国际合作处
承担中国教育海外巡展及留学论坛的策划与执行；处理中心与海外及港澳台单位的合作事务；管理新加坡硕博与护理专业奖学金的运作；监管海外留学预备课程、英国高等教育文凭课程及国际通识课程的运作；执行教育部中外人文交流机制的活动部署。
创新创业服务处
承担春晖创新创业服务平台的构建工作，举办“春晖创新训练营”、“春晖创新作坊”以及“春晖国际青年创新创业成就汇聚”等事项；执行教育部“春晖方案”短期归国行动，汇聚海归才俊为祖国效力。
国（境）外学历学位认证一处
承担境外学历学位证明的审核和评定任务，实施针对海外大学教育体制及院校资格状况的考察活动，构建并管理国外大学教育信息体系，同海外单位进行事务性往来与协作，介入外国民办高等教育（中国）国家资讯平台的某些事务。
国（境）外学历学位认证二处
承担海外教育经历核实任务，并处理后续事务；着手进行境外大学教育水准评估及文凭授予机制的研究；构建海外学历学位认证规范框架；给予认证相关指导，同时公开相关资料与资讯；负责处理国内外教育机构合作项目事务。
留学人员档案管理处
提供档案存放便利给自费去海外或境外深造的人士；为非北京市户籍的留学人员在京求职、京籍人士在京工作办理档案存放手续；为组织关系在我处的人员中，有留学经历的党员办理组织关系转出手续；在档案转出时，会记录留学者的海外学习经历；根据档案记录，为留学人士开具相关证明文件；允许用人单位查阅相关档案资料。
信息网络处
承担核心部门数字化、智能化布局的方案规划与工程实施，全面管理留学服务平台整合、网络设施维护和信息安全保障，同时负责新媒体宣传的构思与传播。
