圣约翰大学诞生于1870年，应罗马天主教布鲁克林主教约翰洛夫林的邀请，由文森特创办而成。该校旨在服务城市中的贫困青年，为他们提供智识与品德方面的培养。
圣·约翰的文森特理念源自圣文森特德保罗的思想和贡献。圣文森特德保罗是基督教慈善组织的支持者。依照文森特的做法，这所大学致力于传授知识，倡导更广泛地投身社会公正，从事慈善活动，提供志愿服务。
圣·约翰大学起先是圣·约翰路学院，坐落于布鲁克林市贝德福德-施托伊弗桑特的路易斯大道75号。1925年该校设立了法律学院，接着开始增设其他学院，到了1933年正式转型为大学。
1954年，圣·约翰在牙买加皇后区，于山顶高尔夫俱乐部原先的地方，开始建设新的校区。次年，圣·约翰学院，也就是这所大学的早期形态，从贝德福德-施托伊弗桑特迁到了这个新地方。差不多二十年之后，大学里其他的学院圣约翰大学，也从布鲁克林市中心的街96号那个独立的校区，转移到了皇后区的这个新校区。1972年，最终一所学院搬离布鲁克林市区，前往新址，由此宣告了该地区大学校园的终结。
1962年，这所天主教大学因招收低收入犹太学生而受到《时代》杂志表彰。此后留学之路，圣约翰大学卷入诉讼，其唯一的犹太副校长指控学校歧视，理由是因他犹太身份而被解职。法院判决圣约翰学院输了官司，.《时代》杂志也将圣约翰大学归入“优秀小型”院校之列圣约翰大学，1962年成立的国立天主教学院。
