1、去程打算网上提前值机的，但是发现随机分配的座位两个人不在一起，所以打算直接到上海机场柜台值机，想问下：在柜台值机时，可以把上海-吉隆坡&吉隆坡-巴厘岛两段的登机牌都打印出来吗？

可以提前值机的，国内出发你去了柜台也要重新办理一次，除非是购买了座位的，否则国内出发他们会重新分配座位，基本都在一起的。
如果你买的是联程机票就会一起打印出来了，非联程就不能一起打印。

2、在吉隆坡中转时，打算不办过境签，直接走国际转机通道，如果问题1中吉隆坡-巴厘岛的登机牌已经打出来了，那可以直接走，如果没打出来，那还需要入境吉隆坡才能打登机牌吗？

如果没有打印出来的话必须入境吉隆坡才能办理登机牌的。建议一定要提前打印出来。

3、回程，如果我是提前网上值机，打印出了巴厘岛-吉隆坡&吉隆坡-上海两段的登机牌，并且没有托运行李，那在巴厘岛和吉隆坡还需要去柜台吗？还是说直接就可以拿着自己打印的登机牌过安检登机了？（如果可以直接登机，那回程是不是就不用称重行李了？）  

可以不用去柜台，直接去过海关登机，有时候会有工作人员手动感受一下你行李的重量，不是超的特别严重都没问题。