设立目的不同

me为职业导向型，比较专业化，课程偏重实践类，有的学校是全部通过授课来完成学位，有的学校则会有毕业项目设计的要求。

而ms为学术导向型，偏重学术研究类，毕业需要研究报告通过审核或者通过毕业论文答辩。

学制时长不同

大多数美国学校me学位的学习时间在9-18个月，也就是通常会在2-3个学期内完成学习，不需要完成论文，只需要完成相应的课程或实践项目就可以毕业，获得学位。所以相对来说，比较适合想要学习知识、获得职场竞争力的申请者。

而对于想从事学术研究的申请人，则可以选择ms学位，一般要求学生需要学习4-6个学期，也就是1.5年至2年，同时要求学生在毕业前完成相关课题的毕业论文。

未来方向不同

如果选择继续深造，攻读PhD学位，ms因为课程设置上较为偏重学术研究能力的培养与锻炼，则更容易受到导师的青睐。

当然拿到me学位的学生有些也可以申请PhD，这就要看具体学校的课程设置。例如弗吉尼亚大学机械工程专业，学院明确回复me学生同样可以申请PhD项目，与ms学生不会有区别。