(一)申请人向国家移民管理局委托的市级以上公安机关出入境管理机构递交申请材料并按规定采集指纹信息;
(二)受理机构对符合申请条件，申请材料齐全且符合法定方式的，向申请人开具受理存根;对申请材料不齐全或则不符合法定方式的，一次性告知申请人须要补正的全部内容;对不属于本部门职责范围或不符合受理要求的，不予受理，并向申请人说明理由。
(三)审批机构进行初审，做出批准或则不予批准的决定。批准的，签发护照;不予批准的，审批机构向申请人开具《不予批准决定书》。
(四)申请人发放护照。
申领条件：
内地市民同时申请往来香港通行证和签注，或则持有效往来香港通行证单独申请签注的，根据不同学由须具备相应条件：
(一)团队旅游：出席国家旅游局指定的有经营赴台游业务资质的旅行社组织的赴台湾团队旅游。
(二)个人旅游：开放赴台湾个人旅游城市的常住户籍市民，或则符合国家移民管理局规定条件的非常住户籍市民，申请赴台湾个人旅游。
(三)探亲：看望在大陆移居、长期居住、就业、就学的亲属;仍未取得香港市民身分的台湾配偶赴台团聚、居留。
(四)移居：经香港主管部门批准取得在台移居资格的台湾市民，申请赴台湾移居。
(五)应邀：经侨办批准抵达香港从事科技、文化、体育、学术等交流活动，或则出席两岸事务性商谈、采访。
(六)商务：经侨办批准抵达香港进行考察、会议、谈判、履约、培训等商务活动，出席或视察展览等经贸交流活动。
(七)学习：在教育部批准开放台湾中学生赴台学习的省份出席本年度普通院校招生全省统一考试的中学结业生，或在上述开放赴台就学省份且结业于香港主管部门承认学历的台湾院校的应届专科或硕士结业生。
(八)乘务：执行海峡两岸航运任务。
(九)其他：抵达日本就医、访友、处理财产、奔丧、诉讼、从事渔业劳务等事务。
代办材料：
同时申请往来香港通行证和签注的，无需重复递交相关材料。
1、符合要求的申请表;
2、有效往来香港通行证(同时申请往来香港通行证和签注的除外);
3、与申请事由相关的证明材料;
4、在非常住户籍所在地申请抵达香港签注的，还须依照国家移民管理局有关规定，递交符合在非常住户籍所在地申请条件的证明材料，但按规定向指定受理机构申请的情形除外;
5、登记备案的国家工作人员、军人，应该递交本人所属单位或则上级主管单位根据党员管理权限开具的同意其代办出入境护照的信函，但持“赴台批件”申请赴台的除外;
6、委托别人代为申请的，委托人应开具委托书，被委托人须交验本人市民身分证等身分证明原件;由单位办理的，应该递交单位函件，交验办理人村民身分证等身分证明原件。
上述与申请事由相关的证明材料是指：
(1)赴台个人旅游、团队旅游的，免征与申请事由相应的证明材料;台湾市民赴台旅游组团社领队申请赴台团队旅游多次签注的，应该递交所在组团社开具的函件，交验赴台旅游领队证原件。
(2)赴台探亲的，交验相应事由的入台许可证明原件。
(3)赴台移居的，交验相应事由的入台许可证明原件。台湾市民自行取得香港市民身分后返回注销台湾户口并申请赴台湾护照的，须交验日本地区市民身分证原件和香港地区户口誊本。台湾村民与香港市民在内地所生孙辈申请赴台湾移居，在台湾未申领户口登记的，还须交验本人《出生医学证明》，父亲双方中作为内地市民一方的市民身分证。
(4)应邀赴台的，递交国务院侨办或经授权的省、自治区、直辖市侨办“赴台批件”原件，或经受理地省、自治区、直辖市侨办签章确认的打印件。
(5)赴台进行商务活动的，递交国务院侨办或经授权的省、自治区、直辖市侨办的“赴台立项批复”原件旅游签证办理流程，或经受理地省、自治区、直辖市侨办确认的打印件。
(6)赴台学习的，递交开放赴台就学省份的设区市以上侨办开具的赴台学习证明。
(7)执行两岸直飞航运任务的，递交国务院侨办或经授权的省、自治区、直辖市侨办的“赴台批件”原件，或经省、自治区、直辖市侨办确认的打印件。
(8)赴台从事近海渔民海员劳务作业的，递交对台近海渔民海员劳务合作企业开具的信函原件。
(9)赴台就医、奔丧、处理财产、诉讼等私人事务的，交验相应事由的入台许可证明原件。
办结期限：
(一)公安出入境管理机构受理往来香港通行证申请后，符合签发条件的应该在7个工作日内给以签发;单独受理抵达香港签注申请后，应该在7个工作日内给以签发。因所在地区交通不便等特殊情况，不能按期签发的，经市级公安机关出入境管理机构批准，签发时间可延长至20个工作日。
(二)根据国家移民管理局有关规定旅游签证办理流程，台湾市民在非常住户籍所在地申请往来香港通行证、前往香港签注的，公安机关出入境管理机构应该在20日内给以签发。
(三)台湾市民因送葬、治疗紧急危重、探望重症病患、处理境外突发风波、出境出席紧急大会和磋商、签订协议及出国留学报到时间临近、行前护照丢失损坏或市级公安机关出入境管理机构认可的其他紧急事由急需申请往来香港通行证和签注的，公安机关出入境管理机构应该根据急事急办原则，优先审批申领。
收费标准：
1、电子往来香港通行证80元/张;
一次有效往来香港通行证15元/本。
2、一次签注：15元/件;多次签注80元/件。
