高等学府的肇始可追溯至十一世纪的博洛尼亚，彼时众多专研语法学、修辞学及逻辑学的学者云集于此，合力阐释古老的罗马法典籍。这些学者最初的研究主要聚焦于法律领域，其中最早见于记载的学者包括佩波内、依内里奥和格雷茨亚诺。皇帝费德里克一世采纳了依内里奥四位学生的意见,于1158年发布命令,明确大学可以免受任何势力干涉,以学术机构的名义获得自主权。十四世纪起,在法学专业之后,博洛尼亚大学又吸引了许多逻辑学、天文学、医学、哲学、算术、修辞学以及语法学领域的学者入驻。1364年,这所大学增设了神学院。许多在科学和文学领域享有盛誉的人物，都曾在此接受教育、进行学术探索或担任教职，他们中声名最为显赫的包括圭多·圭尼泽利、但丁、弗朗西斯克·彼特拉克、奇诺·达皮斯托亚、切科·达斯科利、雷·恩佐、萨林贝内·达帕尔马以及科卢乔·萨卢塔蒂。博洛尼亚大学于十五世纪经历了轻微的规模缩减，不过仍然留住了众多知名学者，比如安德烈亚·阿尔恰多，并且那时也开设了希腊语和希伯来语的课程。到了十六世纪，这所大学首创了一种名为“自然魔法”的教学内容，这种教学实际上就是我们现在所说的实验科学。那个阶段里，彼得罗·蓬波纳齐（），凭借对自然科学的钻研，对旧有的神学观念提出了质疑，同时，乌利塞·阿尔德罗万迪（ ），则开创了自然科学领域，他在药物学方面成就斐然，还细致地整理归类了众多动物标本、古生物遗存以及自然界的奇异现象。那个年代，大学院校也成为了代数学研究的重镇，代表人物有卡尔达诺和费罗。十六世纪时，加斯帕雷·塔利亚科齐着手开展整形外科的早期探索，十七世纪则成为博洛尼亚医学蓬勃发展的关键阶段，马尔切洛·马尔比基运用显微镜从事人体解剖学的教学与钻研。他们的贡献推动医学在此期间取得显著成就。博洛尼亚大学长久以来是世界文化学术界的核心，但在两次世界大战期间博洛尼亚大学，研究和教育的中心发生了转移。不过，随着发达国家教育体系持续更新和发展，该校始终保持着关键作用，并且成功推动了欧洲大学制度的变革。1988年9月18日，正值博洛尼亚大学创办九百周年博洛尼亚大学，来自欧洲的四百三十位大学校长齐聚博洛尼亚中心广场，集体签署了欧洲大学宪章这一重要文献