约翰霍普金斯大学生物医学工程硕士项目为学生提供传统工程学科的理论指导，让学生能够接触专业的生物医学工程课题，并有机会参与有指导的科研项目(需选择“thesistrack”degree)。学生需要从BME项目下设的7个领域中选择一个自己感兴趣的方向去修读。
约翰霍普金斯大学生物医学工程专业领域
1. Computational Medicine (计算医学)
Computational Medicine是一个致力于通过用数学、工程和计算机科学来理解人类疾病的机制、诊断和治疗的定量方法的新兴课程。CM的核心方法是开发疾病分子生物学、生理学和解剖学的计算机模型，并将这些模型实际应用到医疗中，以改善对病人的护理。
2. Imaging & Medical Devices (成像&医疗装置)
Imaging & Medical Devices将数学、物理和生物系统与新型设备和计算算法工程相结合，是一个以新技术和数据密集型分析为中心的项目。
3. Neuroengineering (神经工程)
Neuroengineering在当今生物医学和生物工程领域中是一个新兴且快速成长的基础研究途径。Neuroengineering利用工程工具去调节中枢、周围和自主神经系统(CNS, PNS & ANS)的功能。BME-Neuroengineering旨在在医学领域开发新的以工程为中心的技术，这些技术将用于医学领域中的筛查、诊断、预后、康复、修复和再生。
4. Biomedical Data Science(生物医学数据科学)
Biomedical Data Science的核心是理解如何能够最好地分析大量的生物医学数据，以探索和发现关于生命系统在人类健康和疾病中起到的作用的新知识，并探索如何利用这些知识为人类提供更好且更能够被负担的起的医疗保健。
5. Genomics & Systems Biology (基因组学&系统生物学)
Genomics & Systems Biology是一个植根于生物医学工程的学科，致力于用先进的数学和建模方法去理解构成人体的多尺度是如何维持人体健康和引发疾病的。
6. Immunoengineering(免疫工程学)
Immunoengineering利用免疫系统的力量来治疗疾病，比如说癌症，并且通过促进组织再生去改善愈合和修复。该项目通过应用工程方法去定量地理解在和临床相关背景下的免疫系统，以改善现有的并开发新的治疗方法。
