南京和广州两地均设有985类顶尖大学，不过南京大学和东南大学同中山大学和华南理工大学相比，无论在学术研究能力方面，还是在高校综合评价上，都展现出显著的优势。

依据2025年国家自然科学基金委员会披露的高校科研经费立项数目，当中涉及青年科学基金A级、B级及C级项目，华南理工大学本年度累计获得1047个立项；相对而言，位列华东五校的南京大学仅收获541个，南京工业大学也仅拿到了402个。

根据三校相关统计，中山大学今年国家自然基金获批数量，已超越南京大学与东南大学两者之和，达到943项；这一结果使得中山大学在竞争层面明显强于南京地区两所985高校；从这一数据表现来看，南京这两所高校略显逊色，也进一步印证了南京大学在华五高校中所处的特殊位置。

在国家级重要奖项与顶尖学者选拔过程中，南京大学和东南大学随便哪一所，实力都超过中山大学，但在国家自然科学基金项目评审上贝语网校，这两所高校的表现却明显逊色。

缘由诸多，差异主要体现在医学教育层面。南京大学与东南大学虽设有医学学科，但实力相对有限，省内对比之下，其水平不及南京医科大学与苏州大学医学院。这构成了这两所顶尖学府的明显不足之处。

中大的文理科实力突出，然而同南大相比，仍存在明显差距；中山的工学科在南大、东南面前，仅属于211院校的水平；不过中山医学院实力超群，仅位列北京协和、上交、复旦、北大、浙大之后；在国内享有极高声誉，乳腺癌诊疗达到国际顶尖水准；这也是中大当前最闪亮的招牌！

在CNS顶级学术期刊上，生物医学领域的论文发表最为容易；因此中山医科大学的核心竞争力得到极大增强；与此同时，南京大学和东南大学相对的不足之处更加突出，两者之间的差距立刻变得非常明显。

也许有人不认同，下面再列举一些事例来阐释。南京医科大学在2025年获得了333项国家自然基金的支持，这是否意味着医学类别的优质项目比较容易获得批准呢？

南京医科大学与中山医学院相比，规模显得微不足道，前者共获得333项科研支持，而后者可能申请到的数量更为可观，仅中山肿瘤医院一家就成功申请了121项，其整体科研水平估计至少在500项以上

根据现有状况分析，南京大学与东南大学在国家级自然科学基金项目数量上，与中山大学相比并不逊色，二者主要差距体现在医学领域的发展水平上；江苏省高校在此方面存在明显不足，这也是南京大学排名持续下滑的重要原因；当前社会环境下，以人文社科和理学为主的高校南京大学世界排名，往往难以获得显著的发展机遇。

南京大学和东南大学都设有医学学院，在江苏省内具备一定知名度，然而在985工程院校的范畴内，其关注度相对有限。即便不拿中山医科大学作参照，单是与华中科技大学同济医学院、中南大学湘雅医学院、四川大学华西医学中心以及山东大学齐鲁医学院相比较，两者在实力上存在明显落差，这种对比显然缺乏实际意义。

南京大学和东南大学都一直致力于发展医学学科，但省级层面支持力度不足；尝试整合南京医科大学未能成功；自身医学学科基础薄弱难以迅速提升；因此形成了学科发展不均衡的现象！

南京大学和东南大学在2025年国家自然科学基金项目上输给中山大学，这个结果存在一定程度的虚假成分；因此，观察数据时必须学会深入分析并拆分数据南京大学世界排名，这样才能辨别真伪。南京大学作为世界排名前百的高校，现阶段中山大学的实力还无法超越它。